１月８日、ヘリック大統領の号令一下、帝国首都を包囲していたマッドサンダー師団が城壁を乗り越えて侵入。５時間後、帝都は陥落したがゼネバス皇帝の姿はなかった（よく逃げる御仁で）。

＜ゼネバス帝国の滅亡＞

３月、共和国軍はダラス海ニカイドス島に立て籠もるゼネバス帝国軍に最終戦をしかけた。２００隻以上の改造ウルトラザウルス「ビッグマザー」を使ってマッドサンダーを上陸させ海岸線を突破、続いてゴジュラスＭＫ�Uを中心とした部隊で要塞を攻略した。ゼネバスは暗黒軍の応援を恃んで脱出（またやった）。

帝国最後の要塞が陥落した夜、占領軍は未知の暗黒軍ゾイド「デッド・ボーダー」の攻撃を受け敗退した。暗黒軍は返す刀でゼネバス帝国軍に銃口を向け、兵士を捕虜にしゾイドを接収。暗黒皇帝ガイロスの裏切りに怒ったゼネバスは、皇帝専用デスザウラーに乗り親衛隊を率いて暗黒軍に戦いを挑んだが、デッド・ボーダーのＧカノンの一撃にゼネバス座乗のデスザウラーが破壊され、ゼネバス帝国は滅亡した。その後、撤収する暗黒軍ホエールカイザーの一機をグラハム大尉とロイ＝ジー＝クルーガ中尉のレイノスが撃墜し、残骸から発見されたＨＺ暗号文（ヘリックとゼネバス兄弟のみが知る暗号）により暗黒軍の正体と、開発中の最終兵器の存在が知れた。

＜第一次暗黒大陸上陸作戦＞

１０月、荒天を衝いてマッドサンダーの改造輸送船「シーマッド」と飛行型の「マッドフライ」（何故にマッドを飛ばす……）が暗黒大陸に上陸。シーマッドが輸送した上陸軍はダーク・ホーンなどの暗黒軍ゾイドの攻撃を受け壊滅。マッドフライは空軍基地のホエールカイザーを破壊するが改造デスザウラー「デスエイリアン」（ものすごい改造ゾイドである。外見が）の攻撃を受けこちらも破壊された。

６月、ホエールカイザーを参考に開発された上陸母艦「タートルシップ」により、共和国軍は再び暗黒大陸東南部に上陸した（上陸地点をエントランス湾と呼ぶ）。暗黒軍もデッド・ボーダーやダーク・ホーン等で迎撃に出るがガンブラスターにより撃退された。

＜ブラックコングとの戦闘＞

１１月、共和国軍は暗黒軍の最終兵器の開発を阻止するため、兵器工場を叩いてみた。無人のマッドサンダーを捕獲させておいて、クルーガ中尉のガンブラスターで工場正面を砲撃。そこに敵が集結した隙に、側面からグラハム大尉のハウンドソルジャーが工場内に侵入し、自動操縦のマッドサンダーを操って工場を内側から破壊した。そこに新型ゾイドは無かったが、暗黒軍使用のアイアンコングがいた。ブラックコングは巨大な光輪でミッチャム中尉のシールドライガーＭＫ�Uを破壊、しかしガンブラスターに仕留められた。これは「ビームスマッシャー」（八つ裂き光輪と言ってはいけない）という新兵器だった。

１０月、共和国軍最前線基地をジーク・ドーベル、ガル・タイガー（ゾイド絶滅Ａ級戦犯死天王の一角と呼ばれているそうな）らの高速部隊が攻撃した。暗黒軍はタートルシップを遠巻きに包囲、やがて突然隕石が飛来しタートルシップを直撃する。そして、落下した隕石が砕け散り、中からギル・ベイダーが姿を現した（凝った演出で）。

＜共和国首都空爆＞

１０月、超低空飛行でレーダーをかいくぐり、中央大陸まで飛来したギル・ベイダーがレドラーを連れて共和国首都を空襲した。クルーガ中尉がサラマンダーＦ２で、グラハム大尉がガンブラスターで迎撃するも、両機共に破壊されグラハム大尉は戦死した。尚、この一夜で８万人の犠牲者が出た。

２月、共和国軍はギル・ベイダーの発進基地の場所を割り出すことに成功、直ちに攻撃部隊が編成された。クルーガ中尉のサラマンダーＦ２が帰投するギルを追尾し、ギルの格納庫を確認した後、上空のウルトラザウルス飛行艇からホワイト大佐率いる潜入部隊のキングライガーが降下した。Ｆ２が破壊した格納庫の扉から侵入したキングライガーは高性能爆薬をセットし離脱、基地を爆破した。しかしギル・ベイダーは無事だった。ホワイト大佐以下潜入部隊は撤収班のマッドサンダーと合流できずに全滅した。そのマッドもすぐに交戦状態に入り、マグネーザーを撃ち出して（！）攻撃するがギルは回避、ビームスマッシャーの一撃がマッドを狙うもサラマンダーＦ２が身を呈して守った。クルーガ中尉は脱出した。

＜トライアングルダラスの海戦＞

５月、ギル・ベイダーによって制空権を奪われた暗黒大陸の共和国軍は苦戦していた。海軍のベルガー提督は本国にある全てのマッドサンダーを海戦タイプに改造し、海を渡って一挙に劣勢を覆す作戦を提案、実行に移された。マッド艦隊は暗黒大陸と中央大陸の中間地点にあたるトライアングルダラスでギル・ベイダーと交戦、これを撃墜する。だが、次の瞬間水中戦仕様のギル・ベイダーの攻撃を受けた。対潜装備のない（ウオディックの教訓はどこへ……）マッド艦隊は隊形を乱し、さらに空からもギル・ベイダーが飛来しマッド艦隊は壊滅、ベルガー提督も戦死した。

尚、この作戦にはヘリックとゼネバスしか知らないＨＺ暗号文が使用されていたが、暗黒軍はこれを読んでいた。暗黒側にゼネバスが生存している証左である。

＜ギル・ベイダー大隊空爆作戦阻止＞

６月、暗黒皇帝ガイロスは１０数機のギル・ベイダーを中央大陸へ出撃させ、主要都市を空爆するつもりでいた。これに対し共和国は、故グラハム大尉が設計した新型ゾイド「オルディオス」をクルーガ中尉を与えて迎撃に出した。クルーガ中尉は暗黒軍地上部隊を攻撃、ギル・ベイダーを誘い出し、共和国の命運を背負って戦った。コックピットのミュージックテープに残されたグラハム大尉のメッセージに従い、ビームスマッシャーに対して回避行動を取らず、まっすぐに敵機のコックピットに突っ込む。オルディオスの角「サンダーブレード」が突き刺さる。両機は相撃ちとなった。クルーガ中尉はギル・ベイダーのパイロットの命を助け、オルディオスを爆破し、第一次上陸作戦の時に置き去りにしたレイノスに乗って（よく動いたな）帰還した。

ヘリック大統領はギル・ベイダー撃墜の報を待たずに、至る所へＨＺ暗号で「オルディオス５００機実戦配備完了」との虚報を流した。暗黒皇帝ガイロスはこれを信じ、出撃させていたギル・ベイダーを全機引き返させた。……ガイロスの隣にいるゼネバスにはわかっていた。ガイロスがヘリックに騙されたことを知る頃には、本当にオルディオスが多数配備されることになるであろうと。（ちなみに、小学館から出版されていた昔のゾイドバトルストーリーはここまでで終わっている）

（このへんのロールアウト年次、あやふやです）

ゾイド星史上最大最強のゾイド「キングゴジュラス」が完成、共和国軍は総力を挙げて暗黒軍に最終決戦を挑んだ。数々の難敵を排除し進撃を続けるキンゴジュ（「禁ゴジュ」と書いてはいけない）。共和国軍は遂に暗黒帝国首都ダークネスに迫る。だが……。

＜巨大彗星襲来＞

突如飛来した巨大彗星（キンゴジュが喚んだと言ってはいけない）が３つの月のひとつに衝突。砕けた月の破片がゾイド星に落下し地殻変動が起こり、中央大陸は三つに割れ暗黒大陸の一部も水没した。当然こんな状況で戦争できるはずもなく、なし崩し的に大陸間戦争は終結し共和国は残存部隊を撤退させた。

尚、この大異変で多くのゾイドが絶滅してしまったらしい（まことに惜しむべきことである）。ヘリック共和国も暗黒帝国も軍は壊滅し国土は荒廃、この後数十年に渡って復興に力を注ぐことになる。