あの闘いから2年。
コロニーでは地上の国々と相対するナショナルコロニーが、地球での発言強化の為にガンダムファイトを執り行おうとしていた。
外務次官であるリリーナ・ドーリアンの働きかけにも関わらず、地球圏統一連合（略して統一連合）政府内でのコロニーの完全なる自治権がなかなか認められないためである。
そんな中地球に新たな脅威が訪れようとしていた。
統一連合軍ヨーロッパ支部において、特殊な機体との戦闘が行われたのである。
統一連合軍とプリベンターヨーロッパ支部所属の青年によって辛くも撃退されたのだが、その機体を調べた元DCのカーク・ハミル博士によると異星人の物と確認された。
同じ頃、L5コロニー群のフロンティアサイドで同種異星人と交戦したコロニーに配置された統一連合軍は驚くべき事を異星人より得ることとなる。
それは、バルマー戦役の時に戦った「ゼ・バルマリィ帝国軍」は単なる地球を視察しに来ただけにすぎない…と。
地上に、再び災厄が訪れようとしていた。