方向幕には「臨時」として表示したため、運転席前面には特製の「桜木町」行の紙が張られて運転された。

目黒線とは直接関係しませんが、東横線横浜−桜木町間が２００４年１月３０日限りで、横浜高速鉄道みなとみらい線との相互直通運転開始に伴い、惜しまれながら廃止となりました。これにより東横線反町、横浜の両駅は地下化され横浜駅でみなとみらい線と接続し、２００４年２月１日より相互直通運転を開始しました。廃止となった東横線桜木町駅には新生目黒線になってから１度だけ、３０００系の臨時直通列車”横浜みなと祭り花火号”として２００３年７月２０日に浦和美園−桜木町間に運転されました。このため、普段目黒線で活躍する３０００系が桜木町駅に入線する事から、貴重な列車となりました。３０００系は目黒線が開通する前、１９９９年４月から２０００年１月頃まで暫定的に８両編成として東横線で活躍していたことから桜木町への旅客列車としての入線は３年ぶりとなりました。
 
今では懐かしい光景となってしまった東横線・桜木町駅に停車する３０００系。

今では見ることが出来ない東横線・桜木町駅で撮影した各停桜木町行。

最終日となった２００４年１月３０日は大勢のファンや廃止となる横浜−桜木町間の沿線住民が廃止を惜しみ記念撮影を行っていました。最終列車となる桜木町駅発元住吉行きに充当された東急９０００系９０１３Ｆには「さよならステッカー」を取り付けて運転されました。そして、東横線・桜木町駅は２００４年１月３１日の深夜１時過ぎに、大勢のファンが見守る中営業を終了し、７０年近くの歴史に幕を下ろしました。
 

特製ヘッドマークを取付けて運転されたＹ５００系Ｙ５１１編成。

そして２００４年２月１日、横浜高速鉄道みなとみらい線が開通し、東急東横線と直通運転を開始しました。これと同時に横浜高速Ｙ５００系が運転を開始しました。開通初日は鉄道ファンや観光客が押し寄せ列車のダイヤが乱れました。終点の元町・中華街駅ではエスカレーターがストップするなどの混乱が見られました。
これにより目黒線では、田園調布−武蔵小杉間では第三セクターである埼玉高速鉄道・横浜高速鉄道の車両がお互いに顔を合わせるようになりました。