| 番号 | 疾病名 | 番号 | 疾病名 |
|---|---|---|---|
| 01 | ベーチェット病 | 68 | 慢性肝炎 |
| 02 | 多発性硬化症 | 69 | 肝硬変・ヘパトーム |
| 03 | 重症筋無力症 | 77 | 悪性高血圧 |
| 04 | 全身性エリテマトーデス | 81 | ネフローゼ症候群 |
| 05 | スモン | 83 | 母班病 |
| 06 | 再生不良性貧血 | 84 | シェーグレン症候群 |
| 07 | サルコイドーシス | 85 | 多発性嚢胞腎 |
| 08 | 筋萎縮性側索硬化症 | 86 | 多発性門脈圧亢進症 |
| 09 | 汎発性強皮症 | 87 | ミオトニー症候群 |
| 093 | 皮膚筋炎・多発性筋炎 | 88 | 特発性好酸球増加症候群 |
| 10 | 特発性血小板減少性紫斑病 | 89 | 強直性脊椎炎 |
| 11 | 結節性動脈周囲炎 | 90 | 進行性核上性麻痺 |
| 12 | 潰瘍性大腸炎 | 91 | びまん性汎細気管支炎 |
| 13 | 高安病（大動脈炎症候群） | 92 | ミトコンドリア脳筋症 |
| 14 | ビュルガー病 | 93 | 遺伝性（本態性）ニューロパチー |
| 15 | 天疱瘡 | 95 | 遺伝性ＱＴ延長症候群 |
| 16 | 骨髄小脳変性症 | 96 | 先天性ミオパチー |
| 17 | クローン病 | 97 | 網膜脈絡膜萎縮症 |
| 18 | 劇症肝炎 | 74 | 進行性筋ジストロフィー |
| 19 | 悪性関節リウマチ | 76 | ウィルソン病 |
| 20 | パーキンソン病 | 79 | 慢性炎症性脱髄症多発神経炎 |
| 21 | アミロイドーシス（原発性アミロイド症） | 80 | 骨髄線維症 |
| 22 | 後縦靱帯骨化症 | 99 | 国 特殊医療 先天性血液凝固因子欠乏症等 |
| 23 | ハンチントン舞踏病 | 78 | 都単独 特殊医療 人工透析を必要とする腎不全 |
| 24 | モヤモヤ病（ウィリス動脈輪閉塞症） | 国庫対象疾病 47疾病 都単独疾病 22疾病 国特殊医療 1疾病 都特殊医療 1疾病 |
|---|---|---|
| 25 | ウェゲナー肉芽腫症 | |
| 26 | 突発性拡張型心筋症 | |
| 27 | 多系統萎縮症（線条体黒質変性症、 オリーブ橋小脳萎縮症、シャイ・ドレーガー症候群） | |
| 28 | 表皮水疱症（接合型および栄養障害型） | |
| 29 | 膿疱性乾癬 | |
| 30 | 広範脊柱管狭窄症 | |
| 31 | 原発性胆汁性肝硬変 | |
| 32 | 重症急性膵炎 | |
| 33 | 突発性大腿骨頭壊死病 | |
| 34 | 混合性結合組織症 | |
| 35 | 原発性免疫不全症候群 | |
| 36 | 特発性間質性肺炎 | |
| 37 | 網膜色素変性症 | |
| 38 | クロイツフェルト・ヤコブ病 | |
| 39 | 原発性肺高血圧症 | |
| 40 | 神経線維腫症 | |
| 41 | 亜急性硬化性全脳炎 | |
| 42 | バッド・キアリ症候群 | |
| 43 | 突発性慢性肺血栓塞栓症（肺高血圧型） | |
| 44 | ファブリー病 | |
| 45 | 副腎白質ジストロフィー | |
| 46 | ライソゾーム病 |