物語は、シンの手によって、
主人公ティーダの故郷の滅亡から全ては始まった。
ティーダは奇跡的に助かり、荒れ果てた廃墟と化した故郷で意識が戻る。

ティーダは、別名太古の精霊とも呼ばれる、自然の災厄であるシンを
倒すことができると伝えられている究極のエオン（召喚獣）を召喚できる術を求めに世界へと旅だった。
その途中で、世界中の寺院を巡っている少女ユウナと出会う。

共に旅を続けているうちに、ティーダとユウナは世界スピラ（Spira）の
過去について知ることとなる。今から約1000年前、当時のスピラでは機械科学を中心に発展している都市が栄えていた。
しかし、突如現れたシンの手によって文明は破壊されてしまう。
それ以来、人々は機械科学を恐れた。いつシンが再び現れるか、ということを考えていた。