Javaで電子メイルを送ったり受けたりするプログラムを書くとなると、JavaMailを使用することになります。JavaMailを使うとSMTP、POP3、IMAPといった標準のメイルのプロトコルを、プロトコル自体の知識が無くとも扱うことができます。またMIMEにも対応していますので、添付ファイルのあるメイルでも問題なく扱えるのでなかなか便利です。ライセンスが多少ややこしいので商用システムに使う場合は内容をよく確認して使用してください。