狩人であるヤクトは、一人で狩りに出ていた。しかし獲物が取れず、森の中を歩き回るうちに古い井戸を発見する。その中から突然異形の化け物が大量に現れ、走り去った。次にアムセという女性が現れ、化け物（ファルクス）を退治してほしいと頼み、ファルクスハンターであるイシェルという少女を共に付ける。人を食らうファルクスから村を守るために急いで戻るが、村は既に壊滅。次の村へと移動したファルクスを追い、二人の旅が始まる。同じように、家族や友人を殺されたカヤセとピステールも仲間に加わり、ファルクスを追いつめていく。そんな旅の途中、イシェルは自分の感情の変化に戸惑う。命令を聞き、実行するだけの存在である彼女は、次第に人々を守りたいと思うようになった。ついには、直接手を出してはならないという命令を無視し、彼女はファルクスを倒してしまう。そうして四人は仲間として信頼を深めていき、最後のファルクスを発見する。ファルクスとは、遺伝子異常で生まれた醜い化け物で、食べることしか頭にない。そんなファルクスを率いていた元飼育係のラオスも、空腹になった彼らに食べられてしまう。全てのファルクスが死んだことを報告するため、彼らは再び井戸へ。その先は、高度文明を誇る異世界へと繋がっていた。そこにいたのはアムセと、そして大統領のガリエル。彼はヤクトの世界の人間を殺し、そこに自分の世界の人間を移住させようとしていた。と同時に、元調査員だった彼が残した子であるヤクトを連れ戻そうとした。が、当然反発するヤクトたち。イシェルに命令して捕らえようとするが、彼女はそれをはねのけた。ガリエルの目的を知らなかったアムセの説得により、元の世界へと帰るヤクトたち。イシェルも自由になることができた。そして村を建て直しながら、共に暮らすヤクトとイシェル。人形のようだった彼女は、笑うことができるようになった。人間として、自由に。