サラマンダー、ベアファイター、スピノサパー、ザバット

シャドーフォックス、ライガーゼロ（パンツァー）、ガンブラスター、バーサクフューラー、マッカーチス、ディマンティス、グランチャー、ディロフォース

ライガーゼロ・イクス、デスザウラー、ケーニッヒウルフ、マッドサンダー

西方大陸戦争は共和国軍の勝利に終わった。共和国大統領ルイーズ・エレナ・キャムフォード（ゼネバス陛下の隠し子のエレナですか！？）は帝国軍に停戦を勧告したが、帝国軍摂政ギュンター・プロイツェンはこれを黙殺した。共和国軍司令部は帝国本土への侵攻を決意した。

２月。共和国のものとなったニクシー基地に共和国ゾイドが終結しつつあった。暗黒大陸ニクスへの上陸部隊を編成するためである。しかし、帝国軍はウオディックによりニクス基地を襲撃、レイノスが救援に駆け付けたときには基地は大損害を受けていた。他方、ウオディックが共和国軍の目を引き付けているうちに、半島の反対側にホエールキングが上陸し、無人操縦の量産型デススティンガーを１０体前後放っていった。これに対し共和国軍は急遽ライガーゼロを投入、これを撃破した。しかしニクシー基地の被害は甚大で、ニクス大陸への侵攻が二ヶ月以上遅れることは確実だった。戦闘そのものは共和国軍が勝利したとは言え、帝国軍の遅滞攻撃はその目的を達成したことになる。

＜ウルトラザウルス防衛作戦＞

４月、共和国軍のウルトラザウルスは海戦仕様に改装するため身動きがとれない状態にあった。帝国軍はこの期を逃さず、超高々度飛行仕様ホエールキング・モビーディックに新型無人ゾイド・ザバットを大量に積み込んで爆撃を開始した。ストームソーダーやレイノスが迎撃に上がり、ウルトラ直衛のスピノサパーやベアファイターが対空砲火を浴びせようとする。しかしザバットは数で勝っており、第二波を防ぐのは困難かと思われた。そこで共和国軍はサラマンダーで巨大ミサイルを飛ばし、高度３万メートルを飛行するホエールキングを撃墜してウルトラを救った。

＜アンダー海海戦＞

６月、共和国軍の暗黒大陸ニクス上陸作戦が開始された。ニクシー基地から次々出撃していく共和国艦隊。旗艦は戦闘空母に改造されたウルトラザウルス、海にはバリゲーターとハンマーヘッドが、空にはサラマンダー、プテラス、レイノス（ストームソーダーは？）が付き従っている。一方ガイロス帝国も帝国艦隊を出動させた。双方共に必死で敵艦隊の位置を探るが、索敵の結果共和国側が先に相手の主力艦隊を発見した。空軍爆撃隊が派遣され、艦隊も敵に向かって転進、強烈な先制攻撃を加える。

海戦は共和国有利に進んだが、帝国軍の頑強な抵抗により長引き、双方の飛行ゾイドの燃料が少なくなった。一旦補給のために航空兵力の大半を下げる両軍。だが、帝国軍はこの機を逃さず、海底に潜ませていたシンカーの大部隊（プーさんが時間稼ぎをはかったのはシンカー量産のためらしい）を離水させ、防備の薄くなった共和国艦隊に猛攻撃をかけた。たちまち守勢に立たされた共和国艦隊は、たまらず強電磁海域トライアングルダラスへ転進した。海域突入後に操縦不能となり、一部のゾイドなどは暴走し始める事態に陥るが、帝国の新型ゾイド「マッカーチス」が出現してどういう意図か共和国艦隊を暗黒大陸ニクスへ誘導した。

暗黒大陸ニクス南海岸に辿り着いた共和国軍。彼らの目の前では、帝国本土防衛部隊と未知のゾイド部隊「鉄竜騎兵団（アイゼン・ドラグーン）」とが戦闘状態に入っていた……。

＜鉄竜騎兵団　ＶＳ　閃光師団＞

７月、暗黒大陸ニクスに上陸した共和国軍は最強の高速部隊「閃光師団（レイフォース）」を先陣に、半日で帝国軍沿岸防衛線を突破した。既に沿岸部隊は鉄竜騎兵団との戦闘により大損害を被っていたのだ。エントランス湾に橋頭堡を構築した共和国軍は更に内陸へ進撃。閃光師団は、共和国主力部隊が帝国軍の正面を拘束している間に後背に回り込み包囲する作戦で快進撃を続ける。

しかし、帝都ヴァルハラにまで達しそうな順調すぎる快進撃に疑念を抱いた閃光師団所属ナイト・バイケルン少尉（「本編の主人公」らしい）は、罠の危険性を警告。彼が部隊を引き返そうとしたその時、ヴォルフ・ムーロワ大佐（ムーロワ？ムーロウ？ヘリックの血縁か？）率いる鉄竜騎兵団が攻撃をしかけてきた。彼等の本来の目的は、共和国に帝都ヴァルハラを陥れさせるという不可解なものであり、バイケルン少尉は戸惑いを隠せず、更に目前の鉄竜騎兵団との戦闘も苦しいものであった。地中に潜む電子戦ゾイド・グランチャーの妨害電波により、閃光師団のゾイドはその力を発揮できない。だが、そこへサラマンダーが増援のガンブラスターを空輸、その支援砲火により戦局は逆転した。

＜二大ゾイドの復活＞

バーサーク・フューラーを撃破され、壊滅しつつある鉄竜騎兵団。閃光師団の勝利が目前となった時、今度は鉄竜騎兵団側にとんでもない増援が到着した。在りし日のゼネバス帝国最強ゾイド・デスザウラーである。閃光師団を蹴散らしたデスザウラーは共和国軍主力部隊へ向けて進撃を開始。ほぼ時を同じくして共和国もデスザウラーを撃破できるゾイド・マッドサンダーの復元に着手していた（ペース早すぎっ）。これを察知した帝国軍はライガーゼロ・イクスを派遣してマッドサンダーの破壊を試みる。首尾よく基地に忍び込んだイクスだが、すんでの所でケーニッヒウルフに捕捉され、ズガーン！と弱点のドラムコンデンサーを撃ち抜かれて退いた。