内容

今作品ではタンカー編、プラント編の２編に分かれています。話のつながりでは、

タンカー編
↓
２年間
↓
プラント編

という流れになっています。（なお武器などは引き継げません。）

タンカー編

シャドーモセス島事件の後、リボルバー・オセロットの暗躍によりメタルギアの技術情報が

闇市場（ブラックマーケット）に流出した。多くの亜種世界中み拡散し核武装国のとって

メタルギアが特別な兵器ではなくなりつつある中、反メタルギア財団「フィランソロピー」の

メンバーであるソリッド・スネークは、極秘裏に開発されていた新型メタルギアが密かに輸送

されるという情報を掴む。新型メタルギアの情報を入手するため、ハドソン川を航行中の

偽装タンカーへ潜入を開始するスネーク。だが、その行動に時を合わせたかのように、

タンカーはヘリから舞い降りた謎の武装集団によって制圧される。

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プラント編

マンハッタン沖に建設された海洋徐染施設『ビッグ・シェル』。環境保護のシンボルとして

知られるそのプラントが「サンズ・オブ・リバティ」（自由の仔達）と名乗る武装集団によって

占拠された。武装集団は視察に訪れていた大統領を人質にとり、多額の現金を政府に

要求。武装集団が『ビッグ・シェル』に仕掛けた爆弾が爆発すれば、大規模な科学災害が

誘発し、マンハッタン湾は有史以来最悪の環境破壊に見舞われる…。未曾有の緊急事態

に政府は新生FOX　HOUNDの出動を要請。FOX　HOUND隊員の雷電は海面下より、

『ビッグ・シェル』への単独潜入（スニーキングミッション）を開始した

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